Niestety sytuację polskich ośrodków naukowych we Francji zmieniły wydarzenia polityczne. Po klęsce pod Sedanem i pacyfikacji Komuny Paryskiej, w której brało udział wielu Polaków, zmienił się stosunek francuskich władz do przybyszy znad Wisly. Francuscy politycy, usiłujący związać Francję sojuszem z Rosją, nie byli zainteresowani sprawami polskimi, wykruszyło się też stare pokolenie Wielkiej Emigracji.

W zaborze austriackim natomiast rozpoczęła się liberalizacja stosunków politycznych. W 1872 roku powstała w Krakowie Akademia Umiejętności. Kraków stał sie głównym polskim ośrodkiem naukowym i kulturalnym. W tej sytuacji we wrześniu 1891 roku Prezes Towarzystwa Historyczno-Literackiego, książę Władysław Czartoryski, zawarł umowę z władzami krakowskiej Akademii Umiejętności. Jak wynika z tekstu zapisu: Towarzystwo Historyczno-Literackie, stosownie do swej uchwały, powziętej 21 X 1890, otrzymawszy upoważnienie w dekrecie Prezydenta Republiki Francuskiej z dnia 2 VII 1891, przekaże na własność Akademii swój majątek ruchomy i nieruchomy, obejmujący Bibliotekę Polską w Paryżu i inne zbiory Towarzystwa, dom w Paryżu 6, Quai d’Orléans, w którym te zbiory się mieszczą oraz kapitał (…).

Umowa ta weszła w życie w styczniu 1893 roku. W ten sposób – jak głosi zapis z zebrania (22 X 1892) – Towarzystwo Historyczno-Literackie dało początek ufundowania Stacji Naukowej Polskiej w Paryżu, samo zaś na wiele lat przerwało swoją działalność.

W marcu 1893 roku Prezes Akademii Umiejętności w apelu skierowanym do francuskiego świata naukowego pisał, iż głównym zadaniem Stacji jest nie tylko ułatwianie uczonym polskim ich studiów w Paryżu, ale też ułatwianie uczonym francuskim stosunków naukowych z Akademią i ze światem naukowym słowiańskim.

Pierwszym przewodniczącym Komitetu Miejscowego Stacji, mieszczącej się w budynku Biblioteki Polskiej, został książę Władysław Czartoryski, sekretarzem zaś, a później delegatem Akademii – Władysław Mickiewicz (syn Adama). Dodajmy, że w chwili otwarcia Stacji krakowska Akademia miała wśród członków zagranicznych trzech uczonych francuskich : twórcę podstaw mikrobiologii Ludwika Pasteura, dyplomatę i znawcę spraw polskich Emanuela de Noailles oraz Alberta Sorela, historyka, autora monumentalnego dzieła L’Europe et la Révolution française, który znacznie przyczynił się do rozwoju współpracy Sta

Rozbudowa Biblioteki Polskiej, znaczące rozszerzenie działalności naukowej i wykładowej doprowadziły do utworzenia Ośrodka Studiów Polskich, którego głównym celem było kształcenie młodzieży francuskiej. Uroczysta inauguracja kursów odbyła się w 1935 roku. Początkowo uruchomiono dwa kierunki: jeden, poświęcony kulturze i cywilizacji polskiej, poprowadził wybitny tłumacz i erudyta Paul Cazin, drugi, upowszechniający wiedzę o Polsce współczesnej – profesor Henri de Monfort. W rok później powołano trzeci kierunek : historię wojskowości polskiej (wykłady prowadził generał Louis Faury, były dyrektor nauk Wyższej Szkoły Wojennej w Warszawie).

W skład Biblioteki Polskiej wchodziły więc w tym okresie: Stacja Naukowa Polskiej Akademii Umiejętności, Biblioteka, Muzeum Adama Mickiewicza oraz Ośrodek Studiów Polskich (całością kierował Franciszek Pułaski). Instytucje te prowadziły działalność wydawniczą, odczytową, upowszechniającą wiedzę o historii i polityce państwa polskiego. Zbiory biblioteczne zostały skatalogowane i udostępnione pracownikom naukowym, przeprowadzono inwentaryzację oraz opracowano podstawowy zasób źródeł dotyczących obecności Polaków we Francji. Sama Biblioteka stała się największym, poza granicami kraju, ośrodkiem dokumentującym życie polonii i znaczącą biblioteką specjalistyczną, współpracującą z ośrodkami uniwersyteckimi na terenie całej Francji.

W marcu 1946 roku przyjechał do Paryża profesor romanistyki Stanisław Wędkiewicz. Charakter jego misji był od samego początku trudny: z jednej strony, jako przedstawiciel PAU prowadził sondażowe rozmowy dotyczące przyszłości placówek naukowych we Francji, z drugiej zaś był mediatorem w rokowaniach między nowymi komunistycznymi władzami polskimi a Franciszkiem Pułaskim. Konflikt między polską emigracją a nowymi władzami był nie do przezwyciężenia. W związku z tym, na Walnym Zgromadzeniu PAU w Krakowie, przyjęto uchwałę o rozdzieleniu Stacji Naukowej od Biblioteki Polskiej w Paryżu.

Zakres działalności Stacji i jej statut określiły konwencje i umowy zawarte między rządem francuskim i polskim. W 1947 roku podpisano w Paryżu Konwencję o współpracy intelektualnej między Rzeczpospolitą Polską a Republiką Francuską. Konwencja ta zawierała w artykule 7, pierwsze po II wojnie światowej traktatowe potwierdzenie funkcjonowania Biblioteki Polskiej i Stacji Naukowej w Paryżu należących do Polskiej Akademii Umiejętności.

Zgodnie z ogłoszoną rok wcześniej uchwałą Walnego Zgromadzenia PAU, Stacja miała reprezentować potrzeby wszystkich wydziałów Akademii (dotychczas ograniczała się do Wydziału Filozoficznego i Historyczno-Filozoficznego. Dodajmy jednak, że Dział Nauk Ścisłych i Stosowanych Stacji powołano dopiero w 1958 roku).

W roku 1949 część gmachu przy ulicy Lauriston 74 oddano Stanisławowi Wędkiewiczowi z przeznaczeniem na siedzibę Stacji Naukowej, a po roku 1951 już całość – Polskiej Akademii Nauk.

Pierwsza połowa lat pięćdziesiątych była dla społeczeństwa i nauki polskiej okresem terroru ideologicznego, a zarazem odcięcia od kultury Zachodu. Dopiero po roku 1956 nastąpiła poprawa sytuacji. W 1957 roku podpisano w Warszawie umowy między Polską Akademią Nauk a Centre National de la Recherche Scientifique. W roku 1958 zawarto podobne porozumienie między Wydziałem I PAN a VI Sekcją EPHE (École Pratique des Hautes Études – dzisiejsza EHESS), a w 1959 roku Polska zawarła z Francją umowę o współpracy kulturalnej i naukowej.

W latach pięćdziesiątych Stacja oddzielona od Biblioteki Polskiej organizowała pomoc naukową dla kraju – przygotowywała ekspertyzy, kwerendy biblioteczne, gromadziła dokumentację oraz starała się ułatwiać pracę naukowcom francuskim (konsultacje, sprowadzanie książek, działalność informacyjna) oraz pracującym we Francji lektorom języka polskiego.

W latach siedemdziesiątych nastąpiło ożywienie współpracy z naukowcami francuskimi. Jako placówka Polskiej Akademii Nauk Stacja uczestniczyła w obchodach wielu rocznic francuskich i polskich (np. dwudziestopięciolecia śmierci Anatole’a France’a, stulecia śmierci Balzaka, trzechsetlecia śmierci Kartezjusza, stulecia śmierci Adama Mickiewicza i in.). W 1972 roku Stacja brała udział w obchodach pięćsetlecia urodzin Mikołaja Kopernika (zorganizowanych pod patronatem UNESCO). Jednak wygłaszane w Stacji odczyty polskich specjalistów dla francuskiego środowiska naukowego pozostały najważniejszą formą jej działalności.

W grudniu 1978 roku zorganizowano uroczystą sesję poświęconą osiemdziesiątej piątej rocznicy powstania Stacji, w której uczestniczyli przedstawiciele rządów Polski i Francji, władz Polskiej Akademii Nauk oraz francuskiego świata nauki. Obecni na niej byli także Hélène Langevin i Pierre Joliot – wnukowie Marii i Piotra Curie (jedną z sal konferencyjnych nazwano ich imieniem).

Stan wojenny (1981-1983) i lata po nim następujące były okresem regresu i pasywności.

Lata dziewięćdziesiąte przyniosły otwarcie na zachodnią kulturę, demokratyzację i odpolitycznienie instytucji naukowych w Polsce. Dzięki temu możliwości realizacji zadań statutowych Stacji znacznie się poprawiły. Stacja rozwija współpracę z prestiżowymi uczelniami we Francji i w innych krajach europejskich, jak również z licznymi organizacjami polonijnymi.
W drugiej połowie lat dziewięćdziesiątych nawiązano bliską współpracę z Instytutem Literackim Jerzego Giedroycia. Właśnie w Stacji odbyły się uroczystości nadania lub wręczenia Redaktorowi tytułu doktora honoris causa Uniwersytetu Wrocławskiego (1998), Uniwersytetu w Białymstoku (1998), Uniwersytetu Warszawskiego (1998), Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej (2000) i Uniwersytetu Szczecińskiego (2000).
Stacja uczestniczyła również w uroczystych obchodach dwusetlecia urodzin Adama Mickiewicza i stulecia odkrycia polonu i radu. Stacja włączyła się w obchody Roku Marii Skłodowskiej-Curie, ustanowionego w setną rocznicę przyznania uczonej Nagrody Nobla w dziedzinie chemii.

Tematem wielu odczytów, spotkań i dyskusji było rozszerzenie Unii Europejskiej.

Od 2000 roku Stacja stale współpracuje z UNESCO, Académie des Sciences de l’Institut de France oraz Centre National de la Recherche Scientifique.
W październiku 2007 roku Stacja współorganizowała obchody pięćdziesiątej rocznicy podpisania pierwszej umowy o współpracy między PAN a CNRS.

W czerwcu 2008 roku w Stacji odbyło się Polsko-Francuskie Forum Naukowe, podczas którego zaprezentowano różnorodne formy współpracy między uczonymi polskimi i francuskimi oraz wyniki wspólnie realizowanych projektów.

Oprócz tradycyjnych form działalności i współpracy naukowej w Stacji organizowane są także koncerty muzyki kameralnej, spotkania autorskie z pisarzami i innymi twórcami kultury, spotkania Francuzów polskiego pochodzenia działających w ramach korporacji zawodowych (Association des Médecins d’Origine Polonaise en France, Association des Ingénieurs et Techniciens Polonais en France, itd.).

Warto dodać, że Stacja paryska jest jednym z sześciu ośrodków Polskiej Akademii Nauk za granicą – stacje naukowe znajdują się również w Rzymie (1927-), Wiedniu (1985-) i Kijowie (2013-). W Berlinie (1997-) mieści się Centrum Badań Historycznych, a w Brukseli (2005-) – Biuro Promocji Nauki PolSCA.

Spośród polskich instytucji we Francji działalność naukową prowadzą także: Biblioteka Polska, Ośrodek Kultury i Cywilizacji Polskiej na Sorbonie (Paris IV – Sorbonne) oraz ośrodki akademickie, w których istnieją filologie słowiańskie i lektoraty języka polskiego. Stacja stale współpracuje z tymi instytucjami, jak również z Instytutem Polskim i Instytutem Literackim.