Niestety sytuację polskich ośrodków naukowych we Francji zmieniły wydarzenia polityczne. Po klęsce pod Sedanem i pacyfikacji Komuny Paryskiej, w której brało udział wielu Polaków, zmienił się stosunek francuskich władz do przybyszy znad Wisly. Francuscy politycy, usiłujący związać Francję sojuszem z Rosją, nie byli zainteresowani sprawami polskimi, wykruszyło się też stare pokolenie Wielkiej Emigracji.

W zaborze austriackim natomiast rozpoczęła się liberalizacja stosunków politycznych. W 1872 roku powstała w Krakowie Akademia Umiejętności. Kraków stał sie głównym polskim ośrodkiem naukowym i kulturalnym. W tej sytuacji we wrześniu 1891 roku Prezes Towarzystwa Historyczno-Literackiego, książę Władysław Czartoryski, zawarł umowę z władzami krakowskiej Akademii Umiejętności. Jak wynika z tekstu zapisu: Towarzystwo Historyczno-Literackie, stosownie do swej uchwały, powziętej 21 X 1890, otrzymawszy upoważnienie w dekrecie Prezydenta Republiki Francuskiej z dnia 2 VII 1891, przekaże na wlasność Akademii swój majątek ruchomy i nieruchomy, obejmujący Bibliotekę Polską w Paryżu i inne zbiory Towarzystwa, dom w Paryżu 6, Quai d’Orléans, w którym te zbiory się mieszczą oraz kapitał (…).

Umowa ta weszła w życie w styczniu 1893 roku. W ten sposób – jak głosi zapis z zebrania (22 X 1892) – Towarzystwo Historyczno-Literackie dało początek ufundowania Stacji Naukowej Polskiej w Paryżu, samo zaś na wiele lat przerwało swoją działalność.

W marcu 1893 roku Prezes Akademii Umiejętności w apelu skierowanym do francuskiego świata naukowego pisał, iż głównym zadaniem Stacji jest nie tylko ułatwianie uczonym polskim ich studiów w Paryżu, ale też ułatwianie uczonym francuskim stosunków naukowych z Akademią i ze światem naukowym słowiańskim.

czartor1dPierwszym przewodniczącym Komitetu Miejscowego Stacji, mieszczącej się w budynku Biblioteki Polskiej, został książę Władysław Czartoryski, sekretarzem zaś, a później delegatem Akademii – Władysław Mickiewicz (syn Adama). Dodajmy, że w chwili otwarcia Stacji krakowska Akademia miała wśród członków zagranicznych trzech uczonych francuskich : twórcę podstaw mikrobiologii Ludwika Pasteura, dyplomatę i znawcę spraw polskich Emanuela de Noailles oraz Alberta Sorela, historyka, autora monumentalnego dzieła L’Europe et la Révolution française, który znacznie przyczynił się do rozwoju współpracy Stacji z francuskim

Rozbudowa Biblioteki Polskiej, znaczące rozszerzenie działalności naukowej i wykładowej doprowadziły do utworzenia Ośrodka Studiów Polskich, którego głównym celem było kształcenie młodzieży francuskiej. Uroczysta inauguracja kursów odbyła się w 1935 roku. Początkowo uruchomiono dwa kierunki: jeden, poświęcony kulturze i cywilizacji polskiej, poprowadził wybitny tlumacz i erudyta Paul Cazin, drugi, upowszechniający wiedzę o Polsce współczesnej – profesor Henri de Monfort. W rok później powołano trzeci kierunek : historię wojskowości polskiej (wykłady prowadził generał Louis Faury, były dyrektor nauk Wyższej Szkoły Wojennej w Warszawie).

W skład Biblioteki Polskiej wchodziły więc w tym okresie: Stacja Naukowa Polskiej Akademii Umiejętności, Biblioteka, Muzeum Adama Mickiewicza oraz Ośrodek Studiów Polskich (całością kierował Franciszek Pułaski). Instytucje te prowadziły działalność wydawniczą, odczytową, upowszechniającą wiedzę o historii i polityce państwa polskiego. Zbiory biblioteczne zostały skatalogowane i udostępnione pracownikom naukowym, przeprowadzono inwentaryzację oraz opracowano podstawowy zasób źródeł dotyczących obecności Polaków we Francji. Sama Biblioteka stała się największym, poza granicami kraju, ośrodkiem dokumentującym życie polonii i znaczącą biblioteką specjalistyczną, współpracującą z ośrodkami uniwersyteckimi na terenie całej Francji.

W marcu 1946 roku przyjechał do Paryża profesor romanistyki Stanisław Wędkiewicz. Charakter jego misji był od samego początku trudny: z jednej strony, jako przedstawiciel PAU prowadził sondażowe rozmowy dotyczące przyszłości placówek naukowych we Francji, z drugiej zaś był mediatorem w rokowaniach między nowymi komunistycznymi władzami polskimi a Franciszkiem Pułaskim. Konflikt między polską emigracją a nowymi władzami był nie do przezwyciężenia. W związku z tym, na Walnym Zgromadzeniu PAU w Krakowie, przyjęto uchwałę o rozdzieleniu Stacji Naukowej od Biblioteki Polskiej w Paryżu.

Zakres działalności Stacji i jej statut określiły konwencje i umowy zawarte między rządem francuskim i polskim. W 1947 roku podpisano w Paryżu Konwencję o współpracy intelektualnej między Rzeczpospolitą Polską a Republiką Francuską. Konwencja ta zawierała w artykule 7, pierwsze po II wojnie światowej traktatowe potwierdzenie funkcjonowania Biblioteki Polskiej i Stacji Naukowej w Paryżu należących do Polskiej Akademii Umiejętności.

Zgodnie z ogłoszoną rok wcześniej uchwałą Walnego Zgromadzenia PAU, Stacja miała reprezentować potrzeby wszystkich wydziałów Akademii (dotychczas ograniczała się do Wydziału Filozoficznego i Historyczno-Filozoficznego. Dodajmy jednak, że Dział Nauk Ścisłych i Stosowanych Stacji powołano dopiero w 1958 roku).

W roku 1949 część gmachu przy ulicy Lauriston 74 oddano Stanisławowi Wędkiewiczowi z przeznaczeniem na siedzibę Stacji Naukowej, a po roku 1951 już całość – Polskiej Akademii Nauk.

Pierwsza połowa lat pięćdziesiątych była dla społeczeństwa i nauki polskiej okresem terroru ideologicznego, a zarazem odcięcia od kultury Zachodu. Dopiero po roku 1956 nastąpiła poprawa sytuacji. W 1957 roku podpisano w Warszawie umowy między Polską Akademią Nauk a Centre National de la Recherche Scientifique. W roku 1958 zawarto podobne porozumienie między Wydziałem I PAN a VI Sekcją EPHE (École Pratique des Hautes Études – dzisiejsza EHESS), a w 1959 roku Polska zawarła z Francją umowę o współpracy kulturalnej i naukowej.

W grudniu 1978 roku zorganizowano uroczystą sesję poświęconą osiemdziesiątej piątej rocznicy powstania Stacji, w której uczestniczyli przedstawiciele rzadów Polski i Francji, władz Polskiej Akademii Nauk oraz francuskiego świata nauki. Obecni na niej byli także Hélène Langevin i Pierre Joliot – wnukowie Marii i Piotra Curie (jedną z sal konferencyjnych nazwano ich imieniem).

Stan wojenny (1981-1983) i lata po nim następujące były okresem regresu i pasywności.

Lata dziewięćdziesiąte przyniosły otwarcie na zachodnią kulturę, demokratyzację i odpolitycznienie instytucji naukowych w Polsce. Dzięki temu możliwości realizacji zadań statutowych Stacji znacznie się poprawiły. Stacja rozwija współpracę z prestiżowymi uczelniami we Francji i w innych krajach europejskich, jak również z licznymi organizacjami polonijnymi.

W drugiej połowie lat dziewięćdziesiątych nawiązano bliską współpracę z Instytutem Literackim Jerzego Giedroycia. Właśnie w Stacji odbyły się uroczystości nadania lub wręczenia Redaktorowi tytułu doktora honoris causa Uniwersytetu Wrocławskiego (1998), Uniwersytetu w Białymstoku (1998), Uniwersytetu Warszawskiego (1998), Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej (2000) i Uniwersytetu Szczecińskiego (2000). 

Stacja uczestniczyła również w uroczystych obchodach dwustulecia urodzin Adama Mickiewicza i stulecia odkrycia polonu i radu. Obecnie Stacja włączyła się w obchody Roku Marii Skłodowskiej-Curie, ustanowionego w setną rocznicę przyznania uczonej Nagrody Nobla w dziedzinie chemii. 

Tematem wielu odczytów, spotkań i dyskusji było rozszerzenie Unii Europejskiej.

Od 2000 roku Stacja stale współpracuje z UNESCO, Académie des Sciences de l’Institut de France oraz Centre National de la Recherche Scientifique.

W październiku 2007 roku Stacja współorganizowała obchody pięćdziesiątej rocznicy podpisania pierwszej umowy o współpracy między PAN a CNRS.

W czerwcu 2008 roku w Stacji odbyło się Polsko-Francuskie Forum Naukowe, podczas którego zaprezentowano różnorodne formy współpracy między uczonymi polskimi i francuskimi oraz wyniki wspólnie realizowanych projektów. Informacje na ten temat znajdują się pod następujacymi linkami : La coopération scientifique franco-polonaise : présent, futur, Robert Farhi, Ministerstwo Spraw Zagranicznych Republiki Francuskiej (Ministère des Affaires Etrangères) oraz 7th Framework Programme PEOPLE – how to use it to enhance scientific co-operation between France and Poland, Marta Muter (National Contact Point for the European Research Programmes)

W styczniu 2011 roku Stacja brała udział w przygotowanich uroczystości związanych z obchodami stulecia przyznania Marii Skłodowskiej-Curie Nagrody Nobla w dziedzinie chemii. 29 stycznia na Sorbonie odbyła się uroczysta inauguracja Roku Marii Skłodowskiej-Curie.

Oprócz tradycyjnych form działalności i współpracy naukowej w Stacji organizowane są także koncerty muzyki kameralnej, spotkania autorskie z pisarzami i innymi twórcami kultury, spotkania Francuzów polskiego pochodzenia działających w ramach korporacji zawodowych (Association des Médecins d’Origine Polonaise en France, Association des Ingénieurs et Techniciens Polonais en France, itd.).

Warto dodać, że Stacja paryska jest jednym z sześciu ośrodków Polskiej Akademii Nauk za granicą – stacje naukowe znajdują się również w Rzymie (1927-), Wiedniu (1985-) i Moskwie (1995-). W Berlinie (1997-) mieści się Centrum Badań Historycznych, a w Brukseli (2005-) – Biuro Promocji Nauki PolSCA.

Spośród polskich instytucji we Francji działalność naukową prowadzą także: Biblioteka Polska, Ośrodek Kultury i Cywilizacji Polskiej na Sorbonie (Paris IV – Sorbonne) oraz ośrodki akademickie, w których istnieją filologie słowiańskie i lektoraty języka polskiego. Stacja stale współpracuje z tymi instytucjami, jak również z Instytutem Polskim i Instytutem Literackim.