Powstanie polskiej Stacji Naukowej w Paryżu wpisuje się w różne wydarzenia i procesy historyczne, związane jest z losami emigracji polskiej we Francji. W XIX wieku nastąpił rozwój instytucji chroniących dziedzictwo narodowe, a także zmiany o charakterze ogólnoeuropejskim w zakresie form działalności naukowej polegające m.in. na powoływaniu placówek badawczych poza granicami.
Inauguracja dzialalności Stacji Naukowej przy Bibliotece Polskiej w Paryżu odbyła się 3 maja 1893 roku. Stacja była jedynym samodzielnym polskim ośrodkiem naukowym poza przedrozbiorowymi granicami Polski. Tradycja polskich instytucji naukowych w Paryżu sięga czasów Wielkiej Emigracji. Powołano wtedy do życia Towarzystwo Literackie, Towarzystwo Naukowe (1832), Komitet Historyczny (1836), wreszcie Komitet Statystyczny i Bibliotekę Polską (1838). Ta ostatnia mieści się do dziś w zakupionym w 1853 roku siedemnastowiecznym domu przy 6, quai d’Orléans na Wyspie Świętego Ludwika. Rok 1854 przyniósł kolejne, ważne wydarzenie – powstało Towarzystwo Historyczno-Literackie, które wraz z Biblioteką Polską uzyskało mocą dekretu Napoleona III z 1866 roku – status instytucji użyteczności publicznej. Placówki te zaczęły z wolna przyciągać miejscowe elity intelektualne. Uczeni, wybitni politycy francuscy brali udział w spotkaniach, odczytach, okolicznościowych wieczorach, organizowanych przez Towarzystwo i Bibliotekę. La Fayette, Montalembert, Hugo, Quinet, Michelet należeli do grona najbardziej czynnych i oddanych orędowników sprawy polskiej.
Niestety sytuację polskich ośrodków naukowych we Francji zmieniły wydarzenia polityczne. Po klęsce pod Sedanem i pacyfikacji Komuny Paryskiej, w której brało udział wielu Polaków, zmienił się stosunek francuskich władz do przybyszy znad Wisly. Francuscy politycy, usiłujący związać Francję sojuszem z Rosją, nie byli zainteresowani sprawami polskimi, wykruszyło się też stare pokolenie Wielkiej Emigracji.
W zaborze austriackim natomiast rozpoczęła się liberalizacja stosunków politycznych. W 1872 roku powstała w Krakowie Akademia Umiejętności. Kraków stał sie głównym polskim ośrodkiem naukowym i kulturalnym. W tej sytuacji we wrześniu 1891 roku Prezes Towarzystwa Historyczno-Literackiego, książę Władysław Czartoryski, zawarł umowę z władzami krakowskiej Akademii Umiejętności. Jak wynika z tekstu zapisu: Towarzystwo Historyczno-Literackie, stosownie do swej uchwały, powziętej 21 X 1890, otrzymawszy upoważnienie w dekrecie Prezydenta Republiki Francuskiej z dnia 2 VII 1891, przekaże na wlasność Akademii swój majątek ruchomy i nieruchomy, obejmujący Bibliotekę Polską w Paryżu i inne zbiory Towarzystwa, dom w Paryżu 6, Quai d’Orléans, w którym te zbiory się mieszczą oraz kapitał (…).
Umowa ta weszła w życie w styczniu 1893 roku. W ten sposób – jak głosi zapis z zebrania (22 X 1892) – Towarzystwo Historyczno-Literackie dało początek ufundowania Stacji Naukowej Polskiej w Paryżu, samo zaś na wiele lat przerwało swoją działalność.
W marcu 1893 roku Prezes Akademii Umiejętności w apelu skierowanym do francuskiego świata naukowego pisał, iż głównym zadaniem Stacji jest nie tylko ułatwianie uczonym polskim ich studiów w Paryżu, ale też ułatwianie uczonym francuskim stosunków naukowych z Akademią i ze światem naukowym słowiańskim.
Pierwszym przewodniczącym Komitetu Miejscowego Stacji, mieszczącej się w budynku Biblioteki Polskiej, został książę Władysław Czartoryski, sekretarzem zaś, a później delegatem Akademii – Władysław Mickiewicz (syn Adama). Dodajmy, że w chwili otwarcia Stacji krakowska Akademia miała wśród członków zagranicznych trzech uczonych francuskich : twórcę podstaw mikrobiologii Ludwika Pasteura, dyplomatę i znawcę spraw polskich Emanuela de Noailles oraz Alberta Sorela, historyka, autora monumentalnego dzieła L’Europe et la Révolution française, który znacznie przyczynił się do rozwoju współpracy Stacji z francuskim środowiskiem naukowym.
Od samego początku swej działalności Stacja prowadziła kwerendy archiwalne poszukując poloników w rękopiśmiennych zbiorach paryskich, służyła pomocą naukowcom francuskim i polskim, przybywającym do Francji jako stypendyści Akademii.
