Druga wojna światowa spowodowała w Bibliotece znaczne spustoszenie. Placówka ta należała do najbardziej zniszczonych obiektów naukowo-kulturalnych we Francji, zbiory zostały wywiezione do Niemiec, z wyjątkiem najcenniejszych, ukrytych przez Franciszka Pułaskiego. Zaraz po zakończeniu działań wojennych wszyscy pracownicy ponownie podjęli pracę w Bibliotece, wywiezione zbiory wróciły – via Biblioteka Narodowa w Warszawie – do Paryża. Zaczęto też restaurować pomieszczenia biblioteczne, wznowiono działalność naukową i dydaktyczną. Pierwsze zebrania publiczne odbyły się już pod koniec 1944 roku. Później działalność naukową trzeba było jednak ograniczyć. Z paryskim Instytutem Katolickim uzgodniono, że od roku akademickiego 1945/46 przejmie on działalność dydaktyczną Ośrodka Studiów Polskich, zaś reaktywowane Towarzystwo Historyczno-Literackie rozpoczęło działalność odczytową.

 

wedkiewicz1dW marcu 1946 roku przyjechał do Paryża profesor romanistyki Stanisław Wędkiewicz. Charakter jego misji był od samego początku trudny: z jednej strony, jako przedstawiciel PAU prowadził sondażowe rozmowy dotyczące przyszłości placówek naukowych we Francji, z drugiej zaś był mediatorem w rokowaniach między nowymi komunistycznymi władzami polskimi a Franciszkiem Pułaskim. Konflikt między polską emigracją a nowymi władzami był nie do przezwyciężenia. W związku z tym, na Walnym Zgromadzeniu PAU w Krakowie, przyjęto uchwałę o rozdzieleniu Stacji Naukowej od Biblioteki Polskiej w Paryżu.

Zakres działalności Stacji i jej statut określiły konwencje i umowy zawarte między rządem francuskim i polskim. W 1947 roku podpisano w Paryżu Konwencję o współpracy intelektualnej między Rzeczpospolitą Polską a Republiką Francuską. Konwencja ta zawierała w artykule 7, pierwsze po II wojnie światowej traktatowe potwierdzenie funkcjonowania Biblioteki Polskiej i Stacji Naukowej w Paryżu należących do Polskiej Akademii Umiejętności.bibpol3d

Zgodnie z ogłoszoną rok wcześniej uchwałą Walnego Zgromadzenia PAU, Stacja miała reprezentować potrzeby wszystkich wydziałów Akademii (dotychczas ograniczała się do Wydziału Filozoficznego i Historyczno-Filozoficznego. Dodajmy jednak, że Dział Nauk Ścisłych i Stosowanych Stacji powołano dopiero w 1958 roku).

W roku 1949 część gmachu przy ulicy Lauriston 74 oddano Stanisławowi Wędkiewiczowi z przeznaczeniem na siedzibę Stacji Naukowej, a po roku 1951 już całość – Polskiej Akademii Nauk.

Pierwsza połowa lat pięćdziesiątych była dla społeczeństwa i nauki polskiej okresem terroru ideologicznego, a zarazem odcięcia od kultury Zachodu. Dopiero po roku 1956 nastąpiła poprawa sytuacji. W 1957 roku podpisano w Warszawie umowy między Polską Akademią Nauk a Centre National de la Recherche Scientifique. W roku 1958 zawarto podobne porozumienie między Wydziałem I PAN a VI Sekcją EPHE (École Pratique des Hautes Études – dzisiejsza EHESS), a w 1959 roku Polska zawarła z Francją umowę o współpracy kulturalnej i naukowej.